Геннадий Николаевич Никонов родился в Ижевске 11 августа 1950 года. Окончил Ижевский индустриальный техникум. Во время учебы получил авторское свидетельство на конструкцию подводного ружья.
В 1968 году, одновременно с учебой на вечернем отделении Ижевского механического института, началась его трудовая биография в отделе главного конструктора Ижевского машиностроительного завода. В 1975 году Никонов окончил Ижевский механический институт. Работал ведущим конструктором по спортивной армейской винтовке АВ, участвовал в освоении винтовки на производстве.
В 1976 г. разработал охотничий карабин «Изюбр», который выпускался мелкими сериями. Одной из особенностей карабина было полное отсутствие каких-либо элементов, выходящих на внешние поверхности ствольной коробки, что позволяло использовать всю ее площадь для художественной отделки. Одновременно конструктор участвовал в разработке и испытании опытной винтовки «Биатлон» с запирающим механизмом, обеспечивающим быструю перезарядку. Механизм признан изобретением и используется в серийной винтовке БИ-7-2.
В начале 80-х годов перед оборонной промышленностью была поставлена задача создания автомата повышенной эффективности при стрельбе из неустойчивых положений. Сначала в конкурсе участвовало 12 человек. Они представляли предприятия Тулы, Коврова, Вятских Полян, Подольска, Ижевска и одного из НИИ. Конкурентами Никонова были Стечкин, Афанасьев и Коробов. На полигонные испытания 1986 года попали автомат Стечкина и два образца Никонова. Лучшим был признан один из автоматов Никонова. Его доработка продолжалась до 1991 года.
В 1991 году проведены войсковые испытания образца, в 1997 году автомат был принят на вооружение Российской Армии под наименованием «5,45 мм автомат Никонова (АН-94)».
В 1994-1995 годах конструкторское бюро Г. Н. Никонова (Афонин Валерий Павлович, Абрамян Владимир Владимирович, Ципко Владимир Иванович, Туркин Александр Николаевич, Зверовщиков Валерий Анатольевич и другие), разработало гладкоствольные самозарядные карабины «Сайга-20» и «Сайга-12», а затем целый ряд их модификаций. Высокий технический уровень разработок, умение находить оригинальные решения поставленных задач подтверждают 42 авторских свидетельства.

Г. Н. Никонов награжден знаком «Отличник изобретательства и рационализации», имеет звания «Лучший конструктор объединения», «Лучший конструктор Министерства», является лауреатом Государственной премии 1998 года.

В 2000 году Г. Н. Никонову присвоена ученая степень доктора технических наук.